一、    产品概述

    百奥知生物信息软件集成平台（BioKnow Bioinformatics Software Integration Platform，简称BioKnow-WebLab）,从生物信息学软件的数据输入、参数设定、结果输出与保存的方向入手，建立一套适用于生物信息初学者和生物信息软件教学使用的软件系统。该软件系统集成了Emboss，NCBI，Clastal, KOBAS等软件包的10大类300多个应用程序，并且可以进行EBI Web Service, NCBI Web Service, DDBJ Web Service等网络服务分析，免除了学习者搜索软件的麻烦，输出的结果可以直接应用于实验报告和文章发表。对于初学者我们可以给出全面的数据信息供其进行了解和筛选。省时，省力，省事。但是其结果的丰富程度却远远超过单个软件所提供的信息，操作简单便于掌握。

图1  BioKnow-Software登录界面 

二、    应用范围

1.      各大高校课堂教学。

2.      公司中的科研实验室或对外服务实验室。

3.      政府机构、研究机构、大学、中学等单位的实验室。

三、    产品主界面

图2 产品主界面

四、    产品业务模块

1、         算法集成中心

算法列表：按类别列出所有算法的标签。总共包括十大类算法分别针对不同的数据和结果要求，包括：

ALIGNMENT（序列比对）：包括几乎所有的序列比对程序。分为6类。

1. consensus（一致性比对）：例如：cons：通过多重比对建立一条一致性序列。

2. difference（差异性比对）：例如：diffseq：找出两个相似序列的差异。

3.dot plots（逐一比对）：例如：dotmatcher：两个序列的注意比对。

4.global（全局比对）：例如：needle：利用needle算法全局比对两条序列。

5.local（局部比对）：例如：matcher：利用Water-man算法局部比对两条序列。

6.multiple（多重序列比对）：例如：edialign：序列的局部多重比对。

DISPLAY：（序列显示）：主要是一些结果的图形化显示算法。例如：cirdna：画出一条DNA序列的环状结构。

EDIT（序列处理）：例如：biosed：替代或删除序列的某个部分。

ENZYME KINETICS（酶动力学分析）：例如：findkm：计算并绘制酶反应数据。

FEATURE TABLES（序列特征表）：extractfeat：提取序列的某个特性。

INFORMATION（消息）：例如：infoalign：显示多序列比对的一些基本信息。

NUCLEIC（核酸分析）：主要是对于核酸序列的一些分析的算法。分为13类：

   1.2D structure（二维结构分析）：例如：einverted：找出核酸序列的反向重复序列。

   2.codon usage（密码子分析）：例如：cusp：为一条核酸序列建立密码子表。

   3.composition（成分分析）：例如：sirna：找到mRNA中的siRNA。

   4.cpg island（CpG岛分析）：例如：cpgplot：画出核酸序列中的CpG岛。

   5.gene finding（基因寻找）：例如：getorf：找到序列中的ORF。

   6.motifs（模式分析）：例如：fuzznuc：在核酸序列中寻找某一模式。

   7.mutation（突变分析）：例如：msbar：制造一个突变序列。

   8.primers（引物分析）：例如：eprimer3：挑出PCR引物。

   9.profiles（谱分析）：例如：profit：用一个简单的频率矩阵扫描一个或多个序列。

   10.repeats（重复序列分析）：例如：equicktandem：找到核酸序列中的重复串。

   11.restriction（限制性位点分析）：例如：recoder：找到序列中的限制性位点。

   12.transcription（转录）：例如：jaspscan：在核酸序列中寻找转录因子。

   13.translation（翻译）：例如：transeq：翻一个DNA序列。

PHYLOGENY（进化分析）：例如：distmat：通过一个多重比对建立一个距离矩阵。

PROTEIN（蛋白质分析）：主要是对蛋白质的序列和空间结构的分析算法，分为6类： 

   1.2D structure（二维结构分析）：例如：garnier：预测蛋白质的二级结构。

   2.3D structure（三维结构分析）：例如：psiphi：计算蛋白质的psi和phi转角。

   3. composition（成分分析）：例如：freak：计算出蛋白质的残基频率。

   4. motifs（模式分析）：例如：antigenic：找到蛋白质的抗原位点。

   5.mutation（突变分析）：例如：msbar：制造一个突变序列。

   6. profiles（谱分析）：例如：profit：用一个简单的频率矩阵扫描一个或多个序列。

UTILS（搜索工具）：主要分为两类：

    1.database indexing（数据库索引）：例如：dbiblast：为一个BLAST数据库建立索引。

    2.misc（其他的）：例如：embossdata：寻找Emboss数据。

此外还有：

BLAST和CLUSATAL等数据库工具，以及NCBI，EBI，DDBJ等在线服务。提供定期的算法更新，保证与时俱进。

BLAST：比对工具序列。包含bl2seq序列两两比对，blastall多序列比对和blastclust聚类分析等算法。

CLUSATAL：聚类分析算法。

EBI Web Service：例如：DBFetch(unknown)：数据检索程序工具。

NCBI Web Service：例如：EFetch(v1.5b) ：数据库记录检索工具。

DDBJ Web Service：例如：Mapping：序列挖掘工具。

算法参数：按算法列出所有参数并按算法项对参数归类，便于进行参数查找，并且可以自定义添加参数。

算法脚本：记录算法的算法，类型和内容类型等详细信息。

2、   数据分析中心

分析算法：显示所有已经运行的算法及其运行次数，可以修改重新运行。

运行状态：显示所有算法的运行状态并进行相应的状态统计。

3、   bbs

包括algorithm bbs ,project bbs, analysis bbs 等7个bbs，可以方便的进行算法运行的讨论与研究。

4、   站内消息

站内邮件：支持站内邮件的新建，接受和发送功能；

在线用户：统计出站内目前在线人数，方便站内的交流与学习。

五、    产品特色

四大业务功能：

1. 生物信息软件集成化管理：聚合了10大类300多个算法，包括DNA，RNA和蛋白质的序列分析，突变位点寻找，耐药性分析，聚类分析，家系分析等。并可以自定义算法分析过程。

2. 算法各种算法流程审批：支持任意类型的运算流扩展，支持任意运算流状态以及动作定义。

3. 强大的数据管理与展现：数据结果的集成显示，支持站内的算法查询和自定义视图显示。

4. 协同办公平台：站内邮件、消息提醒、消息追踪、站内BBS、硬盘文件web化共享管理。

四大特色技术：

1. 网络化集成化管理：基于浏览器如IE访问，不需安装客户端；所有实验室业务集成在同一平台下管理。

2. 随需应变能力：领先的软件体系架构，软件平台的柔性扩展能力，支持功能扩展和结构化定制，针对特殊要求进行个性化定制。

3. 全方位信息监控：系统设计满足FDA 21CFR Part11对电子签名和痕迹稽查的要求，包括数据录入逻辑监控、数据痕迹监控、自动数值监控、系统整体监控等，确保数据操作自动化、可监控,根据设定条件能自动Email提醒。

4. 全过程安全控制：具有完备的数据安全与系统备份机制，灵活的用户、单位、角色设定，灵活强大的多角色权限分配机制，确保数据在输入、传输、存贮过程中的完整性、保密性。